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インプラント治療に不適応な疾患（絶対的禁忌症）
絶対的禁忌症とは、改善をすることが難しい疾患にかかっておいるため、インプラント治療ができないとされるケースです。
また、疾患ではありませんが、子供や妊娠中の方もインプラント治療は避けるべきです。
1型糖尿病
糖尿病には、膵β細胞が壊されてしまうことでインスリンがほとんど分泌しなくなってしまう「1 型糖尿病」と、インスリン抵抗性（インスリンは分泌されているけれど、働きが悪いため血糖値が下がらない）を主体とする「2 型糖尿病」があり、糖尿病の患者さんのほとんどは 2 型糖尿病です。インプラント治療をおこなうことが可能かどうかは、HbA1c値で判断され、血糖コントロール状態の目安となります。さらに、「糖尿病性ケトアシドーシス」（血液中にケトン体が増え、血液が酸性に傾く糖尿病の合併症）がないことも確認する必要があります。他にも、糖尿病が深く関与する「メタボリックシンドローム」があり、糖尿病の併発症を考える際には合わせて考慮する必要があります。
1型糖尿病の場合、インスリンがほとんど分泌しなくなってしまうため、血糖コントロールができないため、免疫力が低下してしまい傷が治りにくく、細菌感染のリスクが高くなるだけではなく、骨の治癒や、インプラント体と骨との結合にも悪影響を及ぼしてしまい、治療の失敗のリスクが高くなってしまうため、インプラント治療はおこなうことができません。
自己免疫疾患
潰瘍性大腸炎や、膠原病である関節リウマチ、シェーグレン症候群などの疾患にかかっている方が服用しているステロイド薬によって、骨代謝のバランスが崩れてしまうため、骨の治癒やインプラント体と骨との結合に悪影響を及ぼしてしまう場合があり、治療の失敗のリスクが高いため、インプラント治療はおこなうことができません。
放射線治療を受けている
放射線治療などを受けている方で、特に顎の骨に放射線を受けている場合には、外科処置は絶対におこなうことができません。歯科麻酔により骨髄炎を起こす可能性があるため、麻酔もおこなうこともできません。また、放射線治療後は唾液の分泌量が減少がしやすいことから、虫歯や歯周病のリスクが高くなります。そのため、放射線治療後には口腔内の管理に十分な注意が必要です。
血液疾患
血液疾患には、血友病などの先天性血液凝固因子欠乏症、血小板減少性紫斑病、急性白血病、慢性白血病、貧血などがあります。血液疾患で、出血の際のコントロールができない疾患や、治療による免疫抑制が強い血液疾患の患者さんは、インプラント治療はおこなうことができません。
腎機能障害
腎機能障害によって易感染性、低タンパク血症、口腔乾燥症、腎性骨異栄養症が発現する可能性があり、これらがインプラント治療に悪影響を及ぼしてしまう場合があります。特に、高度の腎障害および腎不全で透析を受けている患者さんは、低カルシウム血症により骨質の低下が起こるため、オッセオインテグレーション（骨結合）が阻害されてしまいます。さらに免疫低下による易感染性、易出血性なども手術が失敗するリスクを高めてしまうため、インプラント治療はおこなうことができません。
妊娠中
疾患ではありませんが、妊娠中もレントゲン撮影や麻酔、出血を伴う外科手術や、術後に処方される抗生物質や痛み止めの薬などが母体や胎児に悪影響を及ぼす危険性があるため、インプラント治療はおこなうことはできません。
不適応でも場合によって治療の余地がある疾患（相対的禁忌症）
全身疾患にかかっている場合でも、専門の医師によるコントロールがなされており、インプラント手術に対するリスクが少ないと判断された場合、インプラント治療が可能になるケースもあります。
2型糖尿病
インプラント体を埋入する手術をおこなう際に、糖尿病のHbA1c値が6.9％以下と血糖コントロールされている場合は、医師の判断を得ることにより治療が可能となります。インプラント治療後も、糖尿病がコントロールされているかの経過観察や、臨床検査などをおこないます。
重度の歯周病
重度の歯周病にかかっている状態で、インプラント体を埋入しても、後にインプラント周囲炎というインプラントの歯周病を引き起こしてしまうリスクが高く、インプラントが脱落しまう可能性があります。そのため、インプラント治療をおこなう前に必ず歯周病の治療をおこなう必要があります。
顎の骨の量が少ない
インプラント体を埋入する顎の骨の量が少ない場合は、骨移植や骨再生の外科処置が必要となります。十分な骨の厚みを確保することで、インプラント治療をおこなうことができます。
骨粗鬆症
骨粗鬆症については、女性に多い疾患で、骨強度（骨密度と骨質）を低下してしまい、骨折のリスクが高くなってしまう骨格疾患です。骨粗鬆症になると、歯槽骨も脆くなるため手術が困難になります。特にビスフォスフォネート系薬剤を使用している患者さんは、薬によって顎骨壊死を起こしてしまう危険性があるため、インプラント治療はおこなうことができません。どうしても治療が必要な場合は、ビスフォスフォネート系薬剤の使用期間にもよりますが、主治医と歯科医師が治療をおこなうことが可能かどうかを話し合い、治療可能な判断を得られた場合、適切な処置によるインプラント治療をおこなう必要があります。
喫煙者
疾患ではありませんが、タバコに含まれるニコチンは血管を収縮させてしまうため、血流が悪くなることで傷が治りにくかったり、インプラント体が骨と結合しにくくなるという悪影響を及ぼしてしまいます。さらに、インプラント周囲炎のリスクも高くなるため、インプラント治療中は禁煙が必要です。
チタンアレルギー
インプラント体は、主にチタンが使用されているため、金属アレルギーを引き起こす可能性がありませんが、稀にチタンアレルギーの方もいらっしゃいます。その場合、インプラント体をジルコニアなどの非金属の素材を使用すれば治療をおこなうことができます。